Służył on bardziej jako jednostka eksperymentalna, aż do 1881 roku nie wchodząc faktycznie w skład floty.
thumb|HMS „Inflexible” W styczniu 1881 roku komandor Fisher został mianowany dowódcą najnowszego, pozostającego jeszcze w budowie, pancernika „Inflexible”. Był to najpotężniejszy wówczas okręt świata, uzbrojony w cztery działa kalibru 406 mm w dwóch obrotowych wieżach i mający pancerz burtowy o grubości 610 mm. Do czasu jego ukończenia John Fisher został czasowo przydzielony na okręt flagowy dowódcy portu w Portsmouth, stary liniowiec „Duke of Wellington”.
Po odbyciu prób morskich „Inflexible” popłynął na Morze Śródziemne, rozpoczynając służbę we Flocie Śródziemnomorskiej. W marcu i kwietniu 1882 roku okręt towarzyszył królowej Wiktorii, która przebywała na wypoczynku w Mentonie na Riwierze Francuskiej. W tym czasie John Fisher zdobył przyjaźń królowej i pozostawał z nią w doskonałych stosunkach aż do jej śmierci.