Uciekinier Po uwolnieniu Paleolog zniknął na dwa lata, ponownie pojawił się dopiero w 1562 w Poissy (Francja). Zdecydował się uczestniczyć w soborze trydenckim, ponieważ wierzył, że może przekonać papieża i katolickie duchowieństwo do zawarcia kompromisu i tolerowania nowych wyznań protestanckich.
Tam papiescy delegaci nie chcieli go wysłuchać, ale zaproponowali mu sekretną pokutę i powrót do katolicyzmu, jednak Paleolog odmówił.
Paleolog ponownie znalazł się w śmiertelnym niebezpieczeństwie, jednak znowu udało mu się uciec i niedługo potem pojawił się w Pradze – ówczesnej siedzibie cesarza Świętego Cesarstwa Rzymskiego. Tam inkwizycja była już powiadomiona o przyjeździe „heretyka” i Paleolog musiał uciec jeszcze raz, tym razem do luterańskiej Saksonii. W Lipsku ubiegał się o posadę wykładowcy, ale luteranie obawiali się jego unitariańskich poglądów.
W 1564 otrzymał oficjalny azyl i status uchodźcy w Pradze, będącej tymczasowo we władzy husytów. Tam poślubił czeską dziewczynę o imieniu Kuthen (Kuta?), w ten sposób ostatecznie zrywając śluby zakonne.
Jego biegła znajomość greki i języka tureckiego pozwoliła mu otrzymać stanowisko dyplomaty w cesarskim urzędzie ds. Wschodu.