Próbował przekonać swoich współwyznawców, że walka w słusznej sprawie jest uzasadniona.
Wydał traktat w języku polskim Zdanie o wojnie. Grzegorz Paweł z Brzezin energicznie odparł jego twierdzenia w łacińskim traktacie Adversus Jacobi Palaeologi de bello sententiam Gregorii Pauli Responsio.
Jednakże wiele lat później, m.in. pod wpływem nawróconego spolonizowanego austriackiego barona Johanna Ludwiga Wolzogena, zwolennicy pacyfizmu chrześcijańskiego ostatecznie wygrali w tej debacie, pomimo że koncepcja ta była trudna do realizacji w obliczu nacisków ze strony polsko-litewskiego państwa, ciągle zamieszanego w wojny z sąsiednimi krajami.
Innym tematem niezgody z braćmi polskimi był związek Paleologa z judaizantami, którzy głosili potrzebę silniejszych więzów z judaistyczną tradycją w chrześcijaństwie.
W Siedmiogrodzie Ponieważ pozycja Paleologa wśród braci polskich osłabła, zdecydował się wyjechać ze swoją rodziną do Klausenburga (obecnie Cluj-Napoca w Rumunii). Pobyt tam wykorzystał na napisanie większości swoich zachowanych dzieł. Dał w nich wyraz swoim bliskim więzom religijnym z judaizmem, które umocnił prawdopodobnie podczas swojego pobytu w Stambule.
Kiedy książę Stefan Batory został władcą Siedmiogrodu, nastąpił kres tolerancji religijnej dla unitarian.