Paleolog powrócił do bardziej tolerancyjnego Krakowa.
W Czechach Na nieszczęście dla Paleologa, Batory wkrótce został królem Polski i wprowadził politykę represji przeciwko braciom polskim i innym religijnym dysydentom.
Ponownie Paleolog i jego rodzina musieli uciec, tym razem do Czech, gdzie przyjął ich dawny czeski przyjaciel Jetřich z Kunovic. Paleolog pozostał w Czechach pięć lat.
Jednak kiedy jego bliski przyjaciel i współpracownik unitarianin Ferenc Dávid został osądzony za herezję i zmarł w więzieniu, Paleolog opublikował płomienną obronę swojego przyjaciela, oskarżając sędziów o to, że nie potrafili dostrzec prawdziwego chrześcijanina w jego osobie, ani docenić wiary tego świątobliwego starca.
Publikacja ta stała się dla inkwizycji koronnym dowodem herezji Paleologa.
Ostatni proces i egzekucja Opiekun Paleologa – Jetřich – został zmuszony do wydania Paleologa biskupowi Ołomuńca. Paleolog został zaaresztowany w miejscowości Loučka koło Zlina, następnie wywieziony do Wiednia i stamtąd do Rzymu.
Aby uniemożliwić mu kolejną ucieczkę (z których Paleolog był szeroko znany), więzień został skuty łańcuchem, z rękami skrępowanymi za szyją i zamknięty w żelaznej klatce. Podróż do Rzymu w takich warunkach trwała trzy miesiące.