Ukształtowanie terenu thumb|240px|Północne wybrzeże Estonii Estonia leży na obszarze Niżu Wschodnioeuropejskiego i większość kraju stanowią tereny nizinne (poniżej 50 m n.p.m.). Średnia wysokość nad poziom morza wynosi 50 m, a jedynie ok. 10% powierzchni kraju znajduje się na wysokości powyżej 90 m.
Dominuje rzeźba polodowcowa – moreny, drumliny, ozy i jeziora polodowcowe. Na północy znajduje się wysoczyzna Pandivere (o wysokości do 166 m n.p.m.). W północnej części kraju znajdują się płaskowyże Harju i Viru (o wysokości 30–70 m n.p.m.), które od północy graniczą z częścią klintu bałtyckiego – klintem północno-estońskim. Klint często przybiera tu formę klifu i osiąga 56 m n.p.m. we wsi Ontika.
Na południu i południowym wschodzie rozciągają się wysoczyzny, m.in. Sakala (o wysokości do 142 m n.p.m.), Otepää (o wysokości do 217 m n.p.m.) i Haanja (o wysokości do 318 m n.p.m.). Najwyższym wzniesieniem w Estonii i krajach bałtyckich jest Suur Munamägi sięgające 318 m.
W południowej części kraju leży płaskowyż Ugandi (o wysokości 40–100 m n.p.m.) ograniczony wychodniami piaskowca – od wschodu Kallaste na brzegu jeziora Pejpus i od zachodu Tamme w pobliżu jeziora Võrtsjärv.