Cała zachodnia i środkowa część kraju jest równinna i w dużej mierze zabagniona. Na zachodzie znajdują się niziny – Nizina Zachodnioestońska z wapiennymi wzgórzami o wysokości ok. 20 m n.p.m. oraz Nizina Pärnu.
Budowa geologiczna Większość terytorium Estonii zbudowana jest z paleozoicznych skał osadowych pokrytych osadami czwartorzędowymi. Wychodnie skał znajdują się na wybrzeżu oraz w pobliżu większych jezior i w dolinach rzek.
Klimat Estonia leży w strefie klimatu umiarkowanego chłodnego, cechującego się niskimi, ale w miarę łagodnymi temperaturami. Mimo bliskości ogromnych mas lądu (Rosja), klimat Estonii posiada cechy przejściowe, kraj leży na styku ścierających się mas powietrza. Są to: powietrze polarno-morskie znad Oceanu Atlantyckiego, które przynosi łagodne temperatury i polarnego (rzadko zwrotnikowego) kontynentalnego ze wschodu.