Wykazał też znaczne zdolności organizacyjne.
Miejscowi Tamilowie posługiwali się dwoma językami: wielu znało jedynie język tamilski, natomiast część (tzw. „portugalczycy”), m.in. potomkowie niewolników, pewnym narzeczem języka portugalskiego. Misjonarze postanowili nauczyć się obu języków. Postanowiono rzucić losy, kto spośród duchownych ma zostać w Indiach po upływie wyznaczonych pięciu lat i nauczyć się języka tamilskiego. Początkowo los padł na Plütschaua, jednak ten miał problemy z nauczeniem się języka i ostatecznie postanowiono, że pozostanie Ziegenbalg. Ten po trzech latach władał tamilskim równie dobrze jak niemieckim, co pozwoliło mu na dogłębne poznanie lokalnej literatury i kultury, a także pisanie własnych dzieł w tym języku.
Ziegenbalg otworzył szkołę dla Tamilów i „portugalczyków”, w której uczniowie mogli otrzymać zarówno naukę, jak i pożywienie, jednak przede wszystkim poświęcił się działalności kaznodziejskiej. 12 maja 1707 roku udzielił pierwszego chrztu, a 14 sierpnia tegoż roku wzniesiono mały kościół. W 1711 roku ukończył tłumaczenie Nowego Testamentu na język tamilski. Rozpoczął też przekład Starego Testamentu, ale doszedł jedynie do Księgi Rut. W 1715 roku choroba zmusiła go do powrotu do Europy, gdzie został serdecznie przyjęty w Niemczech i Anglii.