Historia Mroczne widmo Kiedy Qui-Gon przedstawił radzie Jedi Anakina Skywalkera, prosząc jednocześnie o zgodę Rady na szkolenie go na Jedi, Yoda był temu przeciwny, argumentując, że chłopiec jest zbyt duży, a ponadto zbyt przywiązany do swojej matki, którą boi się stracić. Jednak po śmierci Qui-Gona z rąk Dartha Maula, Anakin został uczniem Obi-Wana.
Wojny klonów i Zemsta Sithów W Ataku klonów Yoda udał się na planetę Kamino, w celu sprawdzenia armii klonów po jej odkryciu przez Obi-Wana. Wraz z nią wspomógł później Jedi walczących na arenie na Geonosis, co dało początek wojnom klonów. Na Geonosis zmierzył się także z Darthem Tyranusem, znanym jako Hrabia Dooku. Pojedynek nie został jednak rozstrzygnięty, skończył się ucieczką Sitha.
Podczas kilkuletnich zmagań Yoda kilkakrotnie próbował spotkać się z Hrabią Dooku. W końcu, na jego zaproszenie, udał się potajemnie na Vjun. Spotkanie okazało się pułapką. Yoda mimo wszystko spotkał się z Dooku i niemal udało mu się sprowadzić go z powrotem na Jasną Stronę Mocy – na przeszkodzie stanęły jednak wydarzenia skrupulatnie zaplanowane przez Palpatine’a.