Yoda został wówczas dwukrotnie ranny w walce z Dooku.
W końcowej fazie Wojen klonów, przedstawionej w Części III, Yoda udał się wraz z batalionem klonów na ojczystą planetę Wookieech, porośnięty drzewami o ogromnych rozmiarach Kashyyyk, gdzie koordynował odparcie inwazji Separatystów. Uniknął tam śmierci z rąk klonów, wykonujących z polecenia Kanclerza Palpatine’a Rozkaz 66; zabił wówczas dwa mierzące do niego klony. Niedługo później wspólnie z Obi-Wanem przedostał się do siedziby zakonu Jedi, uzyskując m.in. dostęp do systemu kamer.
Imperium kontratakuje i Powrót Jedi Po upadku Republiki i przegranej – we własnym rozumieniu – walce z Palpatine’em, w której stracił swój miecz świetlny, Yoda ukrył się na bagiennej planecie Dagobah, wykorzystując do zamaskowania swojej tam obecności wypełnioną energią Ciemnej Strony Mocy jaskinię będącą pozostałością po pokonanym tam wcześniej przez Mincha Mrocznym Jedi z Bpfassh. Udzielał porad nielicznym ocalałym Jedi.
W roku 3 ABY duch Obi-Wana Kenobiego przysłał na szkolenie do Yody Luke’a Skywalkera. Yoda kontynuował jego szkolenie aż do śmierci ze starości w roku 4 ABY.