Siedziba Akademię początkowo umieszczono w obecnie nieistniejącym budynku należącym do kupca Łokotnikowa znajdującego się pomiędzy ulicami Iwanowską (ul. Socjalisticzieskaja) i Griazną (ul. Marata), gdzie funkcjonowała przez dwa lata. Ponieważ dom nie miał kaplicy kupiono w 1842 roku kompleks budynków na Wyspie Wasiljewskiej będący własnością Rosyjskiej Akademii Nauk. Budynki z początku XIX wieku złożone z „centralnego korpusu, dwóch symetrycznie rozmieszczonych skrzydeł oraz przybudówek w podwórzu” przebudowano zgodnie z projektem Christiana F. Meiera (1789–1848). Polegały one nie tylko na przebudowach i dobudowaniu drugiego piętra nad skrzydłami centralnego korpusu, zmianie wystroju zewnętrznego i wewnętrznego, ale najważniejsze było dobudowanie kaplicy pw. św. Jana Kantego. W 1903 roku na zlecenie biskupa L. Żarnowieckiego malowidła w kaplicy wykonał malarz i konserwator Aleksander Borawski. Kaplicę zamknięto w 1918 roku, ale w 1919 roku otwarto ponownie jako kaplicę parafii św. Jana Kantego.