Siedzibę w 1919 roku władze radzieckie przekazały Estońskiemu Proletariackiemu Uniwersytetowi. W budynku mieści się wydział filologiczny Uniwersytetu im. Aleksandra Hercena (w 2015 roku). Ponieważ dawna kaplica św. Jana Kantego nie jest użytkowana i podczas wizyty rektora KUL w Rosji pojawiła się propozycja odremontowania jej i umieszczenia tam wystawy o historii Akademii Duchownej.
Organizacja Po przeniesieniu do Petersburga powstało siedem katedr: teologii dogmatycznej i fundamentalnej, Pisma Świętego, historii Kościoła i prawa kanonicznego, homiletyki patrologii, historii powszechnej i dziejów Rosji, literatury rosyjskiej oraz literatury łacińskiej i greckiej. Ich liczba była zwiększana tak, że w 1890 roku było ich osiem, a od 1915 roku do zamknięcia uczelni 15, w tym teologii pastoralnej, psychologii i prawa państwowego. Językiem wykładowym była łacina i rosyjski. Nauka trwała cztery lata. Po zawarciu w 1847 roku konkordatu pomiędzy Rosją a Stolicą Apostolską Akademii zostały podporządkowane wszystkie katolickie seminaria duchowne w Imperium Rosyjskim. Uczelnią zarządzała Rada składająca się z: rektora, dwóch sufraganów lub prałatów, inspektora, dwóch świeckich profesorów oraz ekonom mający głos doradczy w sprawach gospodarczych.