Został pochowany na cmentarzu Rakowickim w Krakowie (kwatera: XXXV, rząd: 12 miejsce: 6).
Od 2001 przyznawana jest przez Klub Publicystów Ochrony Środowiska EKOS i Stowarzyszenie Dziennikarzy Polskich nagroda im. Stefana Myczkowskiego za zasługi w dziedzinie propagowania ochrony środowiska.
Życie prywatne W 1952 zawarł związek małżeński z Agnieszką Lubowiecką. W 1955 urodził się ich syn Zbigniew, architekt, profesor doktor habilitowany nauk technicznych, specjalista w zakresie architektury krajobrazu, teorii architektury i urbanistyki.
Jego bratem był Jan Myczkowski, profesor fizjologii roślin na Wydziale Ogrodniczym Akademii Rolniczej w Krakowie.
Wybrane publikacje Zielona szata ziemi Nasze lasy górskie. Z zagadnień ochrony przyrody (1969) Zarys fitosocjologii leśnej Polski (1970) Rezerwaty przyrody (1975) Człowiek-przyroda-cywilizacja: kształtowanie zasobów przyrody oraz ochrona biosfery (Warszawa 1976)
Odznaczenia i nagrody Srebrny Krzyż Zasługi Złoty Krzyż Zasługi Odznaka 1000-lecia Państwa Polskiego „Nagroda Europy” Fundacji im. J.W. Goethego w Bazylei Nagroda im.