Inicjalny przepływ wód rzecznych na północ z Kotliny Toruńskiej nastąpił się w poziomie terasy wznoszącej się 30–32 m ponad obecny poziom Wisły (58–60 m n.p.m.).
Faza bałtycka Trzecia faza rozwoju doliny ustaliła się w czasie, gdy lądolód występował już tylko na obszarze Skandynawii. Rozwój doliny był uwarunkowany niskim położeniem bazy erozyjnej (poziomu kształtującego się Bałtyku), co spowodowało szybkie erozyjne pogłębianie doliny i zaniknięcie odpływu na zachód na rzecz znacznie krótszego odpływu na północny wschód wprost do istniejącego tam zastoiska (Bałtyckiego Jeziora Lodowego). Konsekwencją tego stanu rzeczy było wtoczenie się wód Brdy w martwą pradolinę na odcinku od Jachcic po Brdyujście i wycięcie w niej nowych krawędzi terasowych. Intensywna erozja wgłębna dna pradoliny w Bydgoszczy była skorelowana z obniżającym się poziomem rzeki Wisły. Między Bydgoszczą, a Nakłem wytworzył się natomiast dział wodny między systemami Odry i Wisły, a pradolina na zachód od Bydgoszczy uległa zabagnieniu i zatorfieniu.