Kościół św. Anny w Podgórzu – kościół parafialny w Podgórzu (ob. dzielnicy Torunia), istniejący w latach 1582−1813.
Lokalizacja Kościół prawdopodobnie znajdował się przy drodze u wylotu Podgórza, w kierunku Poznania. Jest to teren dzisiejszego cmentarza św. św. Piotra i Pawła, przy ulicy Poznańskiej 104. Na miejscu kościoła stoi obecnie golgota.
Historia Pierwsze wzmianki pochodzące z 1582 roku mówią, że była potrzeba wybudowania kościoła z powodu zniszczenia podczas powodzi w 1570 roku pobliskiego kościoła pw. św. Mikołaja w Dybowie. Ok. 1598 roku powstał drewniany kościół w Podgórzu, z budulca pochodzącego z rozbiórki kościoła drewnianego w Karnkowie. Początkowo kościół był pod wezwaniem NMP Wniebowziętej i św. Jacka. Przed 1651 rokiem z nieznanych powodów kościół został zniszczony. Nową świątynię wybudowano (lub rozbudowano) w 1651 roku dzięki kolekcie mieszkańców Podgórza. Nowemu kościołowi nadano nowe wezwanie: św. Anny. Kościół prawdopodobnie nie został zniszczony podczas pożaru miasta w 1661 roku.
Kościół uwieczniono na obrazie nieznanego malarza pt. Kazanie na łodzi z 1671 roku. Nie wiadomo, czy na obrazie przedstawiono faktyczny wygląd kościoła.