Jednak ZSRR po aneksji tego kraju włączył 23 sierpnia 1944 roku do Rosyjskiej SFRR część krainy Setomaa z miejscowością Pieczory, gdzie znajdowały się ważne dla historii i religii Seto miejsca (cerkiew, cmentarz itp.). Pomimo odzyskania przez Estonię niepodległości tereny te pozostały w rękach Rosji, a nowa granica podzieliła ziemie Seto na część estońską i rosyjską.
Seto są ludnością autochtoniczną Estonii, która przez wieki poddawana była obcym wpływom. Mimo tego nie zatracili świadomości swojej odrębności etnicznej. Ich kultura największy rozkwit przeżywała na początku XX wieku, kiedy to działało wiele towarzystw edukacyjnych i kulturalnych, kierowanych przez wykształconych Seto. Problemy pojawiły się wraz z uzyskaniem przez Estonię niepodległości – władze uznawały Seto za część narodu estońskiego i starały się wykorzenić ich tradycje, obyczaje i język. Przez te działania populacja tej mniejszości etnicznej znacznie spadła, wielu Seto uznawało się za Estończyków. W Rosji doszło do drastycznego spadku liczebności tej populacji, co było spowodowane migracjami do Estonii.