Etymologia Seto, z racji tego, że mieszkali na pograniczu dwóch cywilizacji – rosyjskiej i zachodniej, zwani byli połuwiernikami lub połuwiercami. Uważa się, iż określenia te miały obraźliwy wydźwięk. Pochodzą one z XIX wieku i używane były przez rosyjskich duchownych prawosławnych. Używana dzisiaj nazwa tej grupy – Seto – pochodzi natomiast najprawdopodobniej z języka estońskiego, z wyrażenia „ei see, ei too” („ni to, ni sio”), które miało oznaczać „ani Estończyk, ani Rosjanin”. W ten sposób ludność południa określali Estończycy.
Pochodzenie Na temat pochodzenia Seto toczą się spory między historykami i etnografami. Istnieje kilka koncepcji, z których żadna nie jest przyjmowana za pewnik. Paul Hagu, etnograf, uważa, iż Seto to potomkowie osadników z estońskiego Vőrumaa, którzy przybyli do Setumaa w XVI i XVII wieku. Hipoteza ta wiąże się z przekonaniem, iż język seto wywodzi się z języka vőro. Inna teoria głosi, że osadnicy z Vőrumaa tylko dołączyli do istniejącego tam ludu, tworzonego przez plemiona bałtofińskie. Większość bałto-finów żyjących na pograniczu uległa rusyfikacji, ale dzisiejsi Seto, zgodnie z tą hipotezą, mieli tego uniknąć dzięki napływowi wspomnianych wcześniej osadników. Z czasem, z połączenia przybyszów i ludności autochtonicznej, miała wykształcić się nowa, samodzielna grupa etniczna.