Trzecia teoria mówi, iż Seto są zupełnie niezależną grupą, która nie uległa ani rusyfikacji, ani estonizacji i wykształciła własny etnos.
Odrębność thumb|Mężczyźni w tradycyjnych setuskich strojach, Estonia, region Setomaa. Niezależnie od przyjmowanych teorii o pochodzeniu, wiadomo że Seto należą do grupy ugrofińskiej. Ich odrębność od innych, pokrewnych plemion, które z czasem zintegrowały się w naród estoński lub uległy całkowitej rusyfikacji, wynika najprawdopodobniej z położenia. Setomaa była najdalej wysuniętą na północ w kierunku Estonii częścią państw ruskich, a potem Rosji. Spowodowało to, że wpływy procesów integracyjnych w Estonii i procesu rusyfikacji równoważyły się. Seto zachowali własną tożsamość, czerpiąc zarówno z tradycji bałtofińskiej, jak i wpływów ruskich.
Religia Seto są wyznawcami prawosławia. Przebieg procesu przyjmowania przez nich tej religii, podobnie jak kwestia pochodzenia, budzi spory między uczonymi. Ugrofinowie w Setumaa wcześnie dostali się pod władzę ruską, już w okresie Rusi Kijowskiej, najprawdopodobniej w X–XI wieku. Jest jednak mało prawdopodobne, żeby przodkowie Seto, jak głoszą niektóre teorie, przyjęli chrzest w obrządku bizantyjskim już w 988 roku.