Gdy da Bascio odzyskał wolność, wraz z dwoma rodzonymi braćmi, ojcem Ludwikiem z Fossombrone i bratem Rafałem kontynuował walkę o zreformowanie zakonu. W konsekwencji na wszystkich trzech nałożona została ekskomunika przez generała obserwantów. Wobec tych wydarzeń zbuntowani bracia uciekli z klasztoru i schronili się w pustelni ojców kamedułów. Wtedy też wspólnota zajęła się ofiarną służbą chorym na dżumę, dzięki czemu uzyskali wsparcie starszej siostry pierwszego założyciela, Katarzyny Cybo. Księżna Camerino wstawiła się za młodą wspólnotą u swojego wuja, papieża Klemensa VII. W czerwcu 1528 roku papież pozwolił kilku braciom z Zakonu Braci Mniejszych na odłączenie się od współtowarzyszy, utworzenie nowej rodziny zakonnej i zamieszkanie w eremach. Decyzję tę ogłosił w bulli Religionis zelus.
Przez kilkanaście kolejnych lat kapucyni toczyli bój z Zakonem Braci Mniejszych o uznanie ich za prawowity zakon. Obserwanci nakłonili Klemensa VII do utworzenia dwóch dokumentów, które osłabiały nowe zgromadzenie. 9 kwietnia 1534 roku dokumentem Cum sicut accepimus papież zakazał przyjmowania kapucynom obserwantów. W drugim dokumencie groził przyjętym już obserwantom ekskomuniką, o ile ci nie wróciliby do swoich pierwotnych klasztorów w ciągu 50 dni.