Generał Zakonu Braci Mniejszych, Wincenty Lunellus, namówił cesarza Karola V, aby ten zwrócił się do papieża z poparciem dla obserwantów. W konsekwencji cesarz nazwał zakon "nową sektą" i prosił głowę Kościoła katolickiego o zduszenie jej w zarodku. Kapucyni uzyskali poparcie Vittorii Colonny, która namówiła cesarza i papieża, żeby zmienili swój pogląd o zakonie. Wreszcie Klemens VII ogłosił, że „kanoniczne potwierdzenie reformy kapucyńskiej obowiązuje raz na zawsze". Mimo tego rok później po raz kolejny zakazano przechodzić z zakonu obserwantów do zakonu kapucynów, a następnie zakazano kapucynom osiedlać się poza terenem Włoch.
W tym czasie pojawiły się trudności z wyborem nowego generała kapucynów. Oskarżono dotychczasowego generała o. Ludwika z Fossombrone o brak działalności apostolskiej. Wybór o. Bernardyna z Astii w 1535 roku, spotkał się z protestem o. Ludwika i spowodował jego odejście z zakonu. Bernardyn z Astii wyjednał u papieża Pawła III zatwierdzenie pierwszych konstytucji zakonuKonstytucje Zakonu Braci Mniejszych Kapucynów na oficjalnej stronie zakonu, w języku włoskim, Konstytucje Zakonu., bullą „Exponi vobis” z 25 sierpnia 1536 roku. Większość z nich pozostały niezmienione aż do czasów współczesnych.