Już w latach 1535–1538 i 1546–1552, czyli za swojego panowania, podzielił zakon na 12 prowincji, mając do dyspozycji 700 zakonników. Jednocześnie zapoczątkował działalność misyjną, wysyłając zakonników do Egiptu, gdzie ponieśli śmierć męczeńską.
Kłopotów kapucynom przysporzył nowo wybrany w październiku 1538 roku generał zakonu ojciec Bernard ze Sieny, zwany popularnie „Ochino”. Po kilku latach udanych rządów, coraz częściej oskarżano go o współpracę z Janem Waldesem – zwolennikiem reformy Kościoła wzorowanej na poglądach Marcina Lutra. Ochino nie przeczył swoim poglądom, głosił je otwarcie co spotkało się z wielkim niezadowoleniem ówczesnego papieża. Wezwany do Rzymu, schronił się w Genewie, gdzie wyrzekł się wiary katolickiej. Na cały zakon padło podejrzenie herezji. Podejrzenie do tego stopnia poważne, że Paweł III i zwołany przez niego konsystorz byli zdecydowani podjąć decyzję o kasacji zakonu. Nie zgodził się na to kardynał San Severino, który wskazał na możliwość praworządności całego zakonu nie zniszczonej przez zgubne działania ostatniego generała. Badania potwierdziły tę tezę, zakon uratowano a nowym generałem w 1543 roku został o.Franciszek z Jesi, który świętością swego życia doprowadził do rozkwitu zakonu.