Założyciel kapucynów, ojciec Matteo Serafini da Bascio podobnie jak i jego brat a zarazem następca na stanowisku przełożonego, ojciec Ludwik z Fossombrone odszedł z zakonu i wrócił do obserwantów.
Ostatecznie zakon został zatwierdzony przez papieża Pawła IV bullą Pastoralis officii w 1560 r. W tym czasie nastąpiła dynamiczna ekspansja terytorialna Zakonu. Wciąż jednak obowiązywał zakaz papieża Pawła III z 1537 roku, który zabronił kapucynom „przekroczyć Alpy”. Zakaz cofnięto dopiero dzięki bulli papieża Grzegorza XIII Ex nostri pastoralis officii debito z 6 maja 1574 r. kapucyni stopniowo przenosili się do klasztorów w głąb Europy. Osiedlili się we Francji w 1574 roku, w Hiszpanii (1577–1578), Anglii (1580), Szwajcarii (1584), Niderlandach (1585), Tyrolu (1593), Czechach (1599), Bawarii (1600), Irlandii (1615). W 1612 powstał klasztor w Brazylii. Przyczyniali się do ponownego szerzenia wiary katolickiej w krajach protestanckich oraz do utrwalenia potrydenckiej reformy Kościoła.