Kapucyni ucierpieli podczas rewolucji francuskiej, wskutek napoleońskich kasat zakonów, józefinizmu w monarchii habsburskiej, regalizmu w Hiszpanii, rozbiorów w Polsce. W wielu krajach zakon zanika, w innych uzależniony zostaje od warunków politycznych, a działalność wygasa z powodu zmniejszającej się liczby zakonników. W połowie XIX w. zamknięto nowicjaty, ograniczono wiek wstępowania dla kandydatów, zabroniono budować klasztory. Zakonnicy żyli częściowo w rozproszeniu, a jeśli byli w klasztorach, to ich życie zakonne uległo sporemu wypaczeniu.
Uciekając z klasztorów europejskich kapucyni udają się około 1842 r. do Ameryki Łacińskiej, zakładają placówki w Gwatemali (1852), Ekwadorze (1877) obok założonych tam wcześniej przez Włochów placówek w Chile (1848–1852) i Urugwaju (1850). Prześladowania w czasie kulturkampfu spowodowały przeniesienie się kapucynów niemieckich do Stanów Zjednoczonych i założenie tam 2 prowincji zakonnych: Kalwaryjskiej w 1858 roku i Pensylwańskiej w roku 1873.