dotarł tu Portugalczyk Francisco Pereira Coutinho, któremu król Portugalii (Rei) Jan III Aviz obiecał oddać ten teren w jego posiadanie. Obszar ten znajduje się mniej więcej w dzisiejszej dzielnicy Barra. Mieszkający tam Indianie wielokrotnie wzniecali rewolty przeciw Coutinho, gdyż ten okrutnie traktował tubylców. Ostatecznie Indianie zabili go i w czasie wielkiego festynu zjedli, zaś plany kolonizacji spaliły na panewce.
Salvador został założony 29 marca 1549 roku przez Tomé de Sousa. Na rozkaz króla Portugalii zbudowano tu twierdzę São Salvador. Z Tomé de Sousa dotarło do miasta ponad tysiąc Portugalczyków. Między nimi pierwsi jezuici: Manuel de Nóbrega, João Aspilcueta Navarro, Leonardo Nunes i inni. W 1551 roku pierwszym biskupem Brazylii został Pero Fernandes Sardinha. Wkrótce popadł on w konflikt z jezuitami. To doprowadziło do podziału społeczności miasta na dwa obozy: biskupa Sardinha i Dom Álvaro, zarządcy kolonialnego regionu. Biskup został więc wezwany na dwór portugalski, by przedstawić tam sprawę sporu. W czasie podróży jego statek rozbił się w pobliżu Cururipé i zatonął. Biskup uratowany od utonięcia, wraz z innymi rozbitkami, dostał się w ręce Indian Caeté, którzy wkrótce zabili go i zjedli jego ciało.