W latach 1598, 1624-1625 i 1638 Salvador był krótko zajęty przez Holendrów. Do 1763 roku miasto było stolicą portugalskiej Brazylii.
W XVII wieku głównym towarem eksportowym był cukier. Dzięki niewolnikom sprowadzanym z Afryki, do roku 1650 Salvador da Bahia był największą metropolią na półkuli południowej. Jedno z większych powstań niewolników wywołali muzułmańscy niewolnicy w 1835 r. Pierwotny rozkwit miasta skończył się wraz z chwilą przeniesienia stąd stolicy do Rio de Janeiro. Do tego czasu Salvador był kolonialnym centrum administracyjnym Brazylii.
Pelourinho mały|Pelourinho Do Salvadoru trafiała większa część z ok. 5 milionów Afrykanów, których jako niewolników przywieźli Portugalczycy z Afryki Zachodniej. Byli oni sprzedawani na centralnym targu niewolników Pelourinho (pol. pręgierz). Pelourinho było częścią targu niewolników, gdzie odbywały się biczowania. Niewolnicy musieli pracować na okolicznych plantacjach i polach trzciny cukrowej, tzw. Recôncavo. Przy Pelourinho można podziwiać kościół Igreja do Rosário dos Pretos (Różańca Czarnych). Swego czasu niewolnicy mogli brać udział w mszach tylko w tej świątyni. Po zniesieniu niewolnictwa w 1888, plac ten zaczął przyciągać różnej maści artystów: filmowców, muzyków, malarzy i pisarzy.