Po powrocie ze studiów w Akademii Marynarki Wojennej ZSRR w 1985 wyznaczano go na szefa sztabu – zastępcę dowódcy 1 Dywizjonu Kutrów Rakietowo-Torpedowych. Od 1988 pełnił obowiązki dowódcy tego dywizjonu, w skład którego wchodziło wówczas 7 kutrów rakietowych projektu 205. Na początku 1990 przejął po kmdr. ppor. Michale Michalskim dowództwo nad 2 Dywizjonem Kutrów Rakietowo-Torpedowych (4 małe okręty rakietowe projektu 1241RE). W 1992 dowodzona przez kmdr. por. Zbigniewa Kicińskiego jednostka została przemianowana na 2 Dywizjon Okrętów Rakietowych. Rok później został szefem Wydziału Operacyjnego – zastępcą szefa Sztabu 3 Flotylli Okrętów. W dniu Święta Wojska Polskiego 15 sierpnia 1995 otrzymał awans na stopień komandora.
W 1996 rozpoczął służbę w Sztabie Marynarki Wojennej w Gdyni. Początkowo, w ramach 12-miesięcznej praktyki sztabowej, objął stanowisko szefa Wydziału Analiz Ekonomiczno-Wojskowych w Oddziale Operacyjnym. Przed końcem praktyki został zatwierdzony na tym stanowisku. Od 1998 do 1999 był szefem Wydziału Planowania Oddziału Operacyjnego. W tym okresie z ramienia Dowództwie Marynarki Wojennej nadzorował i współtworzył dokumentację związaną z procesem włączenia Polski w struktury NATO w 1999.