Ponowne rządy w Kioto (1558-1565) Otoczony ze wszystkich stron przez daimyō, którzy pragnęli wykorzystać go dla własnych celów. Yoshiteru jako ostatni z rodu Ashikaga potrafił potwierdzić autorytet sioguna, poprzez aktywną dyplomację. Jego starania umożliwiały tymczasowe zawarcia pokoju między takimi daimyō, jak: Shingen Takeda, Kenshin Uesugi, Takahisa Shimazu, Yoshishige Otomo, Motonari Mōri i Haruhisa Amago. Powodowało to, że wielu możnowładców japońskich ponownie zaczęło liczyć się ze zdaniem sioguna. Nawet tacy daimyō, jak: Nobunaga Oda i Kenshin Uesugi przybywali do Kioto, aby oddać pokłon i złożyć wyrazy szacunku siogunowi.
W 1564 roku Yoshiteru próbował skorzystać ze śmierci Nagayoshiego, aby odzyskać pełnię władzy związanej z bycia siogunem. Jednak Hisahide Matsunaga i trzech innych członków rady rodu Miyoshi, pragnąc uzyskania takiej władzy, jaką miał Nagayoshi, rozpoczęło z Yoshiteru wojnę, aby ponownie zredukować go do roli figuranta. W 1565 roku, Hisahide i Yoshitsugu Miyoshi wkroczyli zbrojnie do Kioto i uderzyli na kompleks budynków, znanych później jako zamek Nijō, gdzie żył Yoshiteru. Znajomość sztuki walki mieczem, której uczył się od mistrzów Nobutsuny Kamiizumiego i Bokudena Tsukahary, umożliwiła mu zabicie wielu wrogów własnymi rękoma.