Konstruując drugą generację Sephii, Kia zdecydowała się opracować bez współpracy z innymi producentami jako całkowicie samodzielną konstrukcję. Pod kątem stylistycznym samochód zyskał bardziej obłe i krągłe proporcje na czele z owalnymi reflektorami oraz podobnie ukształtowanymi lampami tylnymi, z kolei dzięki nowej płycie podłogowej kabina pasażerska stała się przestronniejsza i pojemniejsza.
W porównaniu do poprzednika samochód zyskał bogatsze wyposażenie, które w topowych wariantach obejmowało klimatyzację, centralny zamek, tempomat, dzieloną kanapę tylną czy radio ze zmieniarką CD.
Tym razem tylko na wybranych rynkach gamę nadwoziową Sephii drugiej generacji tworzyła odmiana liftback. Z racji całkowicie odrębnej stylizacji nadwozia i kabiny pasażerskiej, m.in. w Europie i Korei Południowej pojazd oferowano pod inną nazwą jako Kia Shuma.
Lifting i zmiana nazwy W maju 2000 roku Kia Sephia drugiej generacji przeszła obszerną restylizację, która przyniosła inny wygląd przedniej części nadwozia z większą atrapą chłodnicy, a także odświeżony wygląd tylnych lamp i kształt bagażnika.