Decyzja Papena i bierność SPD wobec przejęcia wbrew konstytucji władzy w Prusach przez rząd Rzeszy w lipcu 1932 oznaczały utratę kontroli nad administracją, a co w ówczesnej sytuacji politycznej najważniejsze – pruską policją, przez SPD – największe ugrupowanie republikańskie i antyhitlerowskie i w konsekwencji pośrednie utorowanie drogi do władzy NSDAP – największemu ugrupowaniu antyparlamentarnemu i antyrepublikańskiemu.
Po dojściu nazistów do władzy w 1933, został przeniesiony do Ministerstwa Transportu Rzeszy, gdzie objął funkcję kierownika wydziału transportu wodnego.
Działalność katolicka Od 1928 Klausener kierował berlińską Akcją Katolicką i organizował zgromadzenia katolickie przeciw ruchom antyklerykalnym i agitacji antyreligijnej. Krytykował politykę pruskiej Partii Centrum, m.in. wobec tzw. Zamachu Pruskiego (niem. Preußenschlag) 20 lipca 1932, po którym w Prusach wprowadzono rządy komisaryczne. Bronił praw kościoła katolickiego w obliczu antykościelnej polityki nazistów.