Organizując zjazdy i uroczystości katolickie, Klausener stał się niewygodny dla reżimu nazistowskiego. 25 czerwca 1933 podczas 31. Zjazdu Katolików (55 tys. uczestników) wygłosił mowę, w której opowiedział się za chrześcijańskimi związkami pracowniczymi, uznanymi przez Roberta Leya, szefa Niemieckiego Frontu Pracy (niem. Deutsche Arbeitsfront, DAF), za wywrotowe. Wystąpienie Klausenera zostało natychmiast ostro skrytykowane przez Alfreda Rosenberga. Kolejne uroczystości Zjazdu Katolików w Hoppengarten 24 czerwca 1934 (60 tys. uczestników) naziści uznali za otwartą prowokację. Podczas zjazdu Klausener wygłosił zaimprowizowaną mowę, w której krytykował politykę rządu względem opozycji.
Na fali wydarzeń nocy długich noży, Klausener – jako niebezpieczny przywódca katolicki – został zastrzelony w swoim gabinecie przez komando SS z rozkazu Göringa i Heydricha. Motywem zabójstwa Klausenera mogła być również chęć rozliczenie nazistów z byłym bezpośrednim zwierzchnikiem pruskiej policji.