W roku 1164 papież Aleksander III uznał zakon i nadał mu regułę cysterską z dodanym obowiązkiem walki z niewiernymi. Reguła została ostatecznie potwierdzona przez papieża Innocentego III i kapitułę generalną cystersów w 1199 roku. Zakon podlegał opactwu w Morimond.
Cechą różniącą go od innych zakonów rycerskich było to, że nie wymagał od swoich członków potwierdzenia pochodzenia rycerskiego, wymagał natomiast ślubów zakonnych.
Mimo heroicznych wysiłków Calatrava została utracona przez zakon na rzecz muzułmanów w roku 1195. Dla zakonu zaczęły się trudne czasy, podupadł i zdołał się odrodzić dopiero po dłuższym okresie. Rekonkwista przyniosła w roku 1212 odzyskanie zamku Calatrava, który został zwrócony zakonowi. Udział w wojnach doprowadził do znacznego pomnożenia wpływów i zasobów zakonu, przekształcając go w potężną i niezależną od królów Kastylii instytucję. Spowodowało to starania monarchów kastylijskich, Izabeli i Ferdynanda, o podporządkowanie sobie zakonu. Działania te zostały uwieńczone sukcesem w 1487 roku, kiedy to na mocy bulli papieża Innocentego VIII zakon został podporządkowany koronie hiszpańskiej, choć nie przeobraził się w zakon dynastyczny.