Uchodził za jednego z najbliższych współpracowników Romana Dmowskiego, niemniej jednak należał wraz ze Stanisławem Bukowieckim i Zbigniewem Paderewskim do przeciwników jego ugodowej polityki w Dumie. Po rozłamie, jaki nastąpił w Komitecie Centralnym Ligi Narodowej w 1909, wycofał się z czynnej działalności politycznej.

Wiosną 1913 przeszedł operację serca, a rekonwalescencję odbywał w Merano. Zmarł na gruźlicę 12 sierpnia 1913 w Ojcowie, a 15 sierpnia został pochowany na cmentarzu w Smardzowicach koło Ojcowa. W pogrzebie Teofila Waligórskiego wziął udział jego przyjaciel Roman Dmowski, który zawarł o nim osobiste wspomnienie w „Gazecie Warszawskiej” oraz liście do Karola Raczkowskiego z 19 sierpnia 1913 – w osobie Waligórskiego odchodził drugi człowiek po Janie Ludwiku Popławskim z „tak zgranej swego czasu piątki”Andrzej Micewski: Roman Dmowski, Wydawnictwo „Verum”, Warszawa 1971..

Życie prywatne Od 1885 był żonaty z Natalią z domu Galle;