Moldenhawer, nabywając tę kolekcję, zobowiązał się do wpłacania odpowiedniej sumy każdego roku na rzecz Suhma oraz jego żony, Suhm jednak zmarł w 1798 r. a jego żona rok później. W roku 1797 Moldenhawer nabył kolekcję Müllerske Pinakothek, zobowiązując się do corocznego wpłacania jego córce odpowiedniej sumy. W 1803 roku Uldallske ofiarował swój zbiór rękopisów bibliotece.
W czasach, gdy Moldenhawer zarządzał biblioteką, jej księgozbiór powiększył się do 250 000 woluminówFaktuelle noter om Det Kongelige Bibliotek.. Po śmierci Moldenhawera biblioteka przejęła również część jego prywatnego księgozbioru (12 000 tomów). Moldenhawer za swoją pracę otrzymał wiele wyróżnień i zaszczytów, m.in. w 1809 roku został odznaczony Orderem Dannebroga.
Moldenhawer nie tylko wykazywał się talentami administracyjnymi, lecz zajmował się również pracą pisarską. Ze swoich podróży przywoził liczne odpisy fragmentów poszczególnych rękopisów, jak i całe skolacjonowane rękopisy;