W 1492 ojciec Lukrecji został papieżem (jako Aleksander VI) i rozpoczął rozmowy na temat ślubu córki z Giovannim Sforzą, hrabią Corignola, panem na Pesaro. Zwolennikiem tej kandydatury był krewny Giovanniego, kardynał Ascanio Sforza. Małżeństwo ze Sforzą miało umocnić sojusz papieża z jego krewnym, Ludovikiem Sforzą, władcą Mediolanu, i Karolem VIII, królem FrancjiR. Russell, Borgia Lucrezia, s. 52.. Na wieść o rozmowach na ten temat do Rzymu przybył Gaspar d'Aversa, jednak za cenę 3 tysięcy dukatów zgodził się rozwiązać umowę w sprawie poślubienia Lukrecji.
Małżeństwo z Giovannim Sforzą 2 lutego 1493 w Rzymie Lukrecja poślubiła per procura Giovanniego Sforzę, którego reprezentował Niccoló de Saiano. W tym czasie rozeszły się pogłoski, że papież zamierza wydać córkę za mąż za hrabiego Prada. Część historyków posądzała papieża o prowadzenie podwójnej gry; w świetle nowszych badań okazało się to wybiegiem Aleksandra VI, mającym zmylić przeciwników małżeństwa Giovanniego i Lukrecji.