12 czerwca 1493 w Rzymie odbył się ślub córki papieża i pana na Pesaro. Małżeństwo to nie zostało od razu skonsumowane; przypuszcza się, że było to spowodowane wiekiem panny młodejM. Bellonci, Lukrecja Borgia. Jej życie i czasy, Warszawa 1988, s. 53.. Sforza wyjechał z Rzymu na początku sierpnia 1493. W połowie września ustalono, że w połowie października Giovanni miał wrócić do Rzymu, celem skonsumowania małżeństwa. Pan na Pesaro przybył jednak po 10 listopada.
8 czerwca 1494 Lukrecja przybyła do Pesaro, gdzie czekał już na nią mąż. Rok później, w czerwcu 1495, wróciła do Rzymu, a cztery miesiące później dołączył do niej Sforza. W marcu 1496 pan na Pesaro opuścił stolicę Państwa Kościelnego, by wrócić – na żądanie papieża – w styczniu 1497. W tym czasie papież był niechętny SforzomKardynał Ascanio i jego brat, Ludovico, książę Mediolanu, sprzymierzyli się z Francuzami przeciwko papieżowi, a po zmianie frontu zawarli z nimi osobny pokój;