M. Bellonci, Lukrecja Borgia. Jej życie i czasy, Warszawa 1988, s. 167-168. R. Gervaso, Borgiowie, Warszawa 1988, s. 128..
Małżeństwo z Alfonsem d’Aragon Jeszcze w czasie, kiedy małżeństwo Lukrecji i Giovanniego Sforzy nie zostało rozwiązane, o jej rękę starał się Antonello Sanseverino, syn księcia Salerno. Kolejnymi kandydatami na męża Lukrecji byli Francesco Orsini, książę Graviny, Appiani, pan na Piombino, Ottaviano Riario (syn Cateriny Sforzy) i Alfons Aragoński, książę Bisceglie, naturalny syn Alfonsa II, króla Neapolu.
Borgiom zależało najbardziej na tej ostatniej kandydaturze. Ostatecznie w lipcu 1498 w Rzymie Alfonso poślubił LukrecjęCztery lata wcześniej, 7 maja 1494, Jofre Borgia, młodszy brat Lukrecji, poślubił Sancię d’Aragon, siostrę Alfonsa.. Kolejny rok przyniósł zacieśnienie stosunków między papieżem a Francją przeciwko Mediolanowi, sprzymierzonemu z kolei z królestwem Neapolu. 2 sierpnia 1499 Alfonso, uświadomiony przez kardynała Ascania Sforzę, uciekł z Rzymu, ścigany przez ludzi papieża. Rozpaczającą po ucieczce męża Lukrecję papież próbował pocieszyć, mianując ją gubernatorem Spoleto i Foligno.