Niedługo potem pertraktacje między papieżem a Ferrantem, królem Neapolu, doprowadziły do tego, że 14 października 1499 Alfonso, w towarzystwie żony, powrócił do Rzymu, gdzie 1 listopada Lukrecja urodziła syna, któremu nadano imię Roderyk po dziadku macierzystym. Chrzciny zaszczycili kardynałowie oraz posłowie obcych państw, w tym reprezentanci królów Anglii i Neapolu, a ojcami chrzestnymi dziecka zostalij Capaccio Ludovico Podocatharo (Podocathor) i biskup Modeny, Giovanni Battista FerrariF. Gregorovius, Lukrecya Borgia, według dokumentów i korrespondencyj współczesnych, tłum. F.H. Lewestam, Warszawa 1877, s. 95..
Cezar Borgia, brat Lukrecji, dążył do zacieśnienia więzów z Francją i zupełnego zerwania z Neapolem. 15 lipca 1500 ludzie Cezara próbowali zamordować Alfonsa, książę Brisceglie jednak przeżył. Lukrecja czuwała przy mężu, by nie stało mu się nic złego. 18 sierpnia 1500 do komnaty Alfonsa wpadł Corella don Michelle zwany Michelettem, zaufany Cezara, i aresztował wszystkich ludzi księcia Brisceglie. Lukrecja i jej szwagierka Sancia żądały ich uwolnienia. Micheletto oświadczył, że otrzymał takie rozkazy i że obie mogą się udać do komnaty papieża, by uzyskać zgodę na uwolnienie więźniów. Kiedy Lukrecja i Sancia wybiegły z komnaty, Micheletto udusił AlfonsaM. Bellonci, Lukrecja Borgia. Jej życie i czasy, Warszawa 1988, s.