W dwudziestoleciu międzywojennym spółka zmieniła swój charakter, przekształcając się w formę spółki rodzinnej. Wielu udziałowców odeszło, a ci, którzy pozostali, byli w jakiś sposób spokrewnieni. Lata kryzysu (1929–1933) przyniosły załamanie na rynku. Spółka Mortkowicza jako średnie przedsiębiorstwo prawie upadła. Duże zadłużenie zarówno u różnych osób, jak w instytucjach w kraju i za granicą przyczyniło się do załamania psychicznego właściciela. Popełnił samobójstwo 9 sierpnia 1931 r.
Jego żona Janina wraz z córką Hanną starały się nie dopuścić do upadku spółki. Po kapitulacji wrześniowej J. Mortkowiczowa z racji niearyjskiego pochodzenia była narażona na represje niemieckiego okupanta i nie mogła swobodnie kierować przedsiębiorstwem. Pomagała jej Anna Żeromska i to ona ostatecznie przejęła przedsiębiorstwo w 1939 r. Przedsiębiorstwo zmieniło firmę na A. Żeromska. Księgarnia i Antykwarnia. Spółka Akcyjna. Żona i córka Mortkowicza musiały szukać schronienia poza granicami Warszawy. Otrzymywały jednak wsparcie finansowe z dochodów księgarni. W czasie wojny spółka prosperowała. Dopiero rok 1944 przyniósł jej likwidację.