Po wojnie Janina Mortkowiczowa i Hanna Mortkowicz-Olczakowa chciały reaktywować działalność wydawniczą i w 1945 roku w Krakowie wznowiły działalność opartą na prawach autorskich sprzed wojny. Wydawnictwo J. Mortkowicza podejmowało jednak tylko wspólne wydawanie książek z innymi nakładcami, pobierając opłatę procentową za udostępnione prawa autorskie.
Lata 1948–1950 przyniosły ograniczenie działalności wydawców prywatnych, a produkcja wydawnicza całkowicie przeszła w ręce instytucji państwowych i spółdzielczych. W roku 1950 Wydawnictwo Jakuba Mortkowicza zakończyło swą działalność.
Drukarnia Mortkowicz od 1911 posiadał niewielką Drukarnię Naukową. W 1915 r. przeniósł ją do zakupionego przez siebie domu. Kierownikiem drukarni był jej pierwotny właściciel – Władysław Danielewicz, aż do swojej śmierci w 1924 roku. Praca została wtedy zawieszona na około dwa lata.
Za życia Mortkowicza w Drukarni Naukowej skład był wyłącznie ręczny. W latach 1928–1936 pracowało w niej ośmiu zecerów, którzy dysponowali dużym zestawem pism różnych krojów i czcionek. Maszynę do składania, czyli intertyp zakupiono dopiero w 1936 r. Drukarnia nastawiona była przede wszystkim na zaspokajanie potrzeb drukarskich własnego wydawnictwa.