14 lipca 1945 została przesiedlona wraz z grupą 200 pracowników Uniwersytetu Stefana Batorego do Torunia. 26 sierpnia 1945 Krajowa Rada Narodowa powołała, aktem erekcyjnym, do życia Uniwersytet Mikołaja Kopernika (UMK) w Toruniu. Wilhelmina Iwanowska otrzymała nominację rektorską na profesora nadzwyczajnego UMK w katedrze astrofizyki 8 października 1945, a oficjalną nominację 22 maja 1946. Wykłady astrofizyki rozpoczęła 3 grudnia 1945.
Brała udział w badaniach na temat między innymi ruchu gwiazd w przestrzeni, fotometrii fotograficznej, gwiazd zmiennych, widm gwiazdowych oraz ewolucji galaktyk. Jej największym osiągnięciem było ustalenie nowej skali odległości we Wszechświecie. Była zapraszana na wykłady na europejskich i na amerykańskich uniwersytetach. Od listopada 1948 roku do maja 1949 prof. Iwanowska przebywała na stażu naukowym w USA w kilku tamtejszych obserwatoriach, zrezygnowała jednak z kontynuowania kariery naukowej w Stanach i powróciła do kraju. Została też wiceprezesem Międzynarodowej Unii Astronomicznej (byłą pierwszą kobietą w zarządzie IAU) oraz członkiem korespondentem (od 1956) i członkiem rzeczywistym (od 1976) Polskiej Akademii NaukCzłonkowie PAN: Skorowidz. Była założycielką Toruńskiego Centrum Astronomicznego PAN w Piwnicach k. Torunia.