14 lipca 1992 ukazał się album Psalm 69: The Way to Succeed and the Way to Suck Eggs. Podstawę dla niego przygotował singel z Jesus Built my Hotrod, ale także rosnąca popularność Nine Inch Nails. Album ten był najlepiej sprzedającym się krążkiem zespołu, pozwolił Ministry dostać się do mainstreamu i jest uważany za ich najlepsze dzieło. Znalazły się na nim choćby takie utwory jak powstały we współpracy z czołowym pisarzem Beat Generation Williamem Burroughsem Just One Fix poruszający temat narkotyków oraz N.W.O. (New World Order), będący protestem przeciw amerykańskiej interwencji w Iraku i w ogóle politykę prezydenta USA George’a Busha Seniora.
W następnych latach zespół napotkał na swojej drodze wiele problemów. Największym były narkotyki, przede wszystkim uzależnienie Jourgensena i Barkera od heroiny. Kolejny album (Filth Pig)ukazał się dopiero w 1996. Sample i elektronika ustąpiły miejsca hałaśliwym, dysonansowym partiom gitarowym a automat perkusyjny stanowiący podstawę sekcji rytmicznej na poprzednich albumach został zastąpiony żywą perkusją.