Komercyjnie płyta poniosła porażkę, została źle oceniona przez większość krytyków i wzbudziła kontrowersje wśród fanów.
W 1999 roku wydany został album Dark Side of the Spoon, na którym pojawiły się elementy Ministry z lat wczesnej twórczości, czyli elektronika stylizowana na elektro. Płyta została zadedykowana Williamowi Tuckerowi, ex-gitarzyście Ministry, który popełnił samobójstwo.
W 2001 roku z powodu ukąszenia przez jadowitego pająka Jourgensen porzucił narkotyki, co było punktem zwrotnym dla zespołu. W 2003 roku wydany został album Animositisominia, który znacznie bardziej przypominał dokonania zespołu z przełomu lat 80. i 90. W 2003 roku zespół opuścił Paul Barker z przyczyn osobistych.
W 2004 roku rozpoczął się nowy okres twórczości: razem z albumem Houses of the Molé rozpoczęła się trylogia skierowana przeciwko ówczesnemu prezydentowi USA, George W. Bushowi. Muzycznie były to najbardziej agresywne, przypominające thrash metal kompozycje Ministry. Kolejne części trylogii to Rio Grande Blood z 2006 roku oraz The Last Sucker z 2007 roku.