W trakcie nagrywania Rio Grande Blood Jourgensen ogłosił, iż po wydaniu następnej płyty Ministry zakończy działalność.
Pod koniec września 2005 odbyła się premiera Rantology, albumu zawierającego remiksy wcześniej wydanych utworów, nowy utwór The Great Satan oraz Bloodlines, kawałek obecny wcześniej na soundtracku z gry VAMPIRE: Bloodlines
Ostatnie wydawnictwa zespołu to Cover Up zawierająca covery oraz DVD Adios... Puta Madres) z nagraniami z pożegnalnej wówczas trasy koncertowej C-U-LaTour.
15 lipca 2008 w warszawskim klubie Stodoła Ministry zagrało swój pierwszy koncert w Polsce. Jeszcze tego samego roku grupa została rozwiązana.
W 2011 roku grupa wznowiła działalność, zaś w 2012 r. wydała kolejny album Relapse oraz dała szereg koncertów, w tym w Polsce na Przystanku Woodstock. W 2013 roku zespół wydał kolejny album From Beer to Eternity.