W momencie przyjazdu do Warszawy otrzymał zadanie zakończenia procesu reorganizacji eparchii (eparchia chełmsko-warszawska powstała w tym samym roku, przekształcona z warszawsko-nowogieorgijewskiej, po wcieleniu do Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego byłej unickiej diecezji chełmskiej)A. Mironowicz, Kościół prawosławny…, s.53. Na urzędzie zastąpił arcybiskupa Joannicjusza, prawdopodobnie zmuszonego do wyjazdu z Warszawy wskutek konfliktu z wpływowym środowiskiem duchownych przybyłych na zaproszenie władz carskich z Galicji w celu przygotowania masowej konwersji unitów chełmskich na prawosławie. Arcybiskup Leoncjusz odnosił się do Galicjan równie negatywnie (był zdania, że sprawę konwersji należało powierzyć duchowieństwu miejscowemu), jak jego poprzednik i w 1882 doprowadził do odwołania z Chełmszczyzny ich lidera, biskupa lubelskiego Marcelego. Po tym wydarzeniu duchowieństwo przybyłe z Galicji przestało odgrywać istotną rolę w życiu Kościoła prawosławnego na ziemiach zaboru rosyjskiegoW. Osadczy: Święta Ruś. Rozwój i oddziaływanie idei prawosławia w Galicji. Lublin: Wydawnictwo Uniwersytetu Marii Curie-Skłodowskiej, 2007, s. 232–233. .