jego posunięcia modernizacyjne spotkały się z opozycją rządców prowincji, janczarów, konserwatywnego duchowieństwa muzułmańskiego.
Zmagał się z licznymi buntami, m.in. wystąpieniem paszy Widynia Pasvanoglu, ruchem kyrdżały, a w swych afrykańskich posiadłościach z wahhabitami. W 1799 r. z inicjatywy Sauda wahhabici zawarli z Osmanami pokój, łamiąc zawarte w nim postanowienia; w 1802 r. wojska Sauda I Wielkiego najechały i splądrowały Karbalę, wraz z szyickim sanktuarium-meczetem Al-Husajna. Selim III nie zapobiegł zdobyciu przez wahhabitów Al-Hidżazu z Mekką i Medyną. W 1804 wydał paszy Egiptu Muhammadowi Alemu polecenie odzyskania świętych miast.
W okresie jego rządów w imperium osmańskim popularne stały się hasła rewolucyjne związane z wybuchem rewolucji francuskiej, które wpłynęły na radykalizację nastrojów burżuazji narodowości nietureckich i wzrost ich świadomości narodowej; sam Selim III opowiadał się przeciwko rewolucji, zachował jednak neutralność podczas wojny republiki francuskiej z koalicją. Sympatyzował z polskimi walkami niepodległościowymi, udzielił schronienia polskim uchodźcom, nie uznał zaborów. Po napoleońskiej agresji na Egipt i zajęciu przez Francuzów Wysp Jońskich, tradycyjny alians z Francją uległ osłabieniu, w 1800 r.