W północno-zachodniej części Chaco, przechodzącej w przedgórza Andów, znajduje się Alto Chaco, region mający postać wzgórz o wysokości do 400 m n.p.m.
320px|prawo|mały|Lasy chaco
Klimat Paragwaj leży w strefie klimatu zwrotnikowego, który dzieli się na dwa typy: kontynentalny na zachodzie i przejściowy w środkowej i wschodniej części kraju. Chaco i wschodni Paragwaj różni się warunkami klimatycznymi, które głównie przejawiają się różnicą w opadach deszczu. Północno-wschodni kraniec Paragwaju cechuje się wilgotną odmianą klimatu zwrotnikowego.
Średnia temperatura w Chaco w miesiącach letnich (X-III) waha się tu około 20 °C, a miesiącach zimowych (IV-XI) – spada do 19 °C. Zimą napływają tu czasami gorące masy powietrza równikowego, podnosząc temperaturę do 30-35 °C, noce natomiast są na ogół chłodne i temperatura spada często do 0 °C. We wschodnim Paragwaju średnie temperatury miesięcy letnich wahają się ok. 27 °C, zimowych – od 15-21 °C. Niekiedy temperatura spada na kilka godzin do 8 °C, a nocą zdarzają się przymrozki. Charakter kontynentalny klimatu rośnie ku zachodowi, a rejon Chaco należy do najgorętszych regionów kontynentu południowoamerykańskiego (temperatury maksymalne do 47 °C).