Region wschodni, leżący po wschodniej stronie rzeki Paragwaj jest stosunkowo nizinny, gdzie tereny wyżynne zajmują wschodnią, północną i środkową część tego regionu. Są to obszary będące południowym skrajem Wyżyny Brazylijskiej. Przy granicy z Brazylią ciągnie się najwyższe pasmo górskie kraju – Cordillera del Amambay (700 m n.p.m.), położone na terenie Parku Narodowego Cerro Corá. Ku południowemu wschodowi góry przechodzą w niższe pasmo Cordillera de Mbaracayú (400–500 m n.p.m.), które stanowi dział wodny pomiędzy rzekami Parana i Paragwaj. Cordillera de Caaguazú to kolejne pasmo górskie Paragwaju, położone w środku kraju, w pobliżu pasma Cordillera del Ybyturuzú. Najwyższy szczyt Paragwaju – Cerro Peró wznosi się na 842 m n.p.m.
Region zachodni jest obszarem wybitnie nizinnym, leżącym na wysokości około 200 m n.p.m. Dzieli się na dwie części: Chaco Seco – Dolne Chaco i Alto Chaco – Górne Chaco. Równina Chaco Boreal, leżąca w Chaco Seco, pochylona jest lekko ku wschodowi, opadając ku rzece Paragwaj. W kierunku zachodnim region lekko się podnosi do około 300 m n.p.m.