Jej literą cesarz zobowiązywał się do niezakładania nowych miast, zamków i mennic w obrębie dóbr kościelnych, oraz nienakładania nowych ceł na włości Kościoła.
W 1220 r. ogłosił dekrety przeciw heretykom, którzy od 1224 r. zgodnie z wprowadzonym przez niego prawem mogli być karani karą śmierci wykonywaną przez spalenie na stosie, nawet za krytyczne nastawienie do dogmatów kościelnychJurgen Graupmann. Leksykon tematów tabu. Warszawa: KDC, 2007, s. 57.. Te ustępstwa wobec Kościoła, wynikały głównie z zabiegów o poparcie biskupów dla elekcji syna cesarza, Henryka, na króla rzymskiego.
Na wschodzie Fryderyk II nadał nieograniczone prawa towarzyszowi z wypraw krzyżowych Hermanowi von Salza, wielkiemu mistrzowi zakonu krzyżackiego, do ziem należących do obszaru Prus (Złota Bulla z Rimini z 1226).
Krucjata thumb|Fryderyk II (z lewej) spotyka Al-Kamila W podziękowaniu za koronację Fryderyk zobowiązał się zorganizować krucjatę. W ramach przygotowań poślubił w 1225 Jolantę Jerozolimską, następczynię tronu Królestwa Jerozolimy (jego pierwsza żona – Konstancja Aragońska zmarła 3 lata wcześniej). Zaczął ociągać się z wyruszeniem na krucjatę, próbując przejąć kontrolę nad Królestwem Jerozolimy z rąk swego nowego teścia – Jana z Brienne.