Gdy w 1227 Fryderyk nadal zwlekał z wyruszeniem na krucjatę, został ekskomunikowany przez papieża Grzegorza IX. W czerwcu 1228 mimo ciążącej na nim klątwy wyruszył na krucjatę. Fryderyk podjął negocjacje z sułtanem egipskim Al-Kamilem, władcą z kurdyjskiej dynastii Ajjubidów, w celu odzyskania i dołączenia Jerozolimy, Nazaretu i Betlejem do Królestwa Jerozolimy. Udane negocjacje doprowadziły do koronacji Fryderyka w Jerozolimie 18 marca 1229. Ze względu na ekskomunikę w koronacji asystował Fryderykowi jedynie jego przyjaciel, wielki mistrz zakonu krzyżackiego Hermann von Salza. Po koronacji Fryderyk wrócił do Europy.
Zajęcie Jerozolimy przyniosło Fryderykowi sławę i poważanie w Europie, skłoniło też papieża Grzegorza IX do zdjęcia ekskomuniki w 1231 (wydarzenie to znane jest jako pokój w San Germano).
Bunt przeciw Fryderykowi W 1231 syn Fryderyka, Henryk (VII), którego na życzenie ojca w 1220 Sejm Rzeszy ogłosił królem Niemiec, podniósł bunt przeciwko cesarzowi i związał się z Ligą Lombardzką. Choć Henryk szybko ukorzył się przed ojcem, nie uchroniło go to jednak przed detronizacją oraz więzieniem. Fryderyk pokonał także Ligę w bitwie pod Cortenuova (1237), po czym przeszedł triumfalnie ulicami Cremony na czele pochodu słoni.