Wcześniej jednak, aby odzyskać kontrolę w Niemczech, musiał na żądanie książąt wydać edykt zwany Statuum in favorem principium (1232). Stanowił on, że cesarz traci tradycyjne prerogatywy królewskie (regalia, regale), zrzeka się podatków i świadczeń od wolnych chłopów, a książęta uzyskują potwierdzenie władzy w swoich księstwach i przejmują z rąk cesarza kompetencje sądownicze, a więc i prawodawcze. Odtąd wydawanie ustaw przez cesarzy było zależne od zgody zjazdu książąt i stanów Rzeszy, czyli Sejmu Cesarstwa. Statuum z 1232 było jedną z podstaw słabości władzy centralnej w Niemczech w następnych stuleciach.
Dalsze życie W 1235 Fryderyk zawarł sojusz z królem Anglii – Henrykiem III, Fryderyk ożenił się z jego siostrą, Izabelą Plantagenet.
W 1238 Fryderyk II nadał jednemu ze swoich nieślubnych synów Enzio (Henrykowi), Królestwo Sardynii - mimo że stanowiło ono lenno papieża. W 1239 Grzegorz IX ponownie obłożył Fryderyka II klątwą i ogłosił go Antychrystem. W 1240 wojska cesarskie zdobyły Rawennę, a cesarz rozpoczął budowę Castel del Monte. W 1241 cesarz odniósł zwycięstwo nad flotą papieską u wybrzeży Genui. W tym samym roku umarł Grzegorz IX i pod naciskiem cesarza kardynałowie wybrali Goffredo Castiglione, który został papieżem jako Celestyn IV.