Organy Pierwotne, barokowe organy z 1667 zastąpił nowy instrument zbudowany w latach 1847–1851 przez zakład organmistrzowski Friedricha Wäldnera z Halle. Był on następnie wiele razy modyfikowany i rozbudowywany. Planowana jest gruntowna restauracja instrumentu. Prace, których koszt szacuje się na 150000 euro, wykona zakład organmistrzowski Kristiana Wegscheidera z Drezna.
Ostatnia jak dotąd renowacja organów była przeprowadzona w 1972. Od tamtego czasu mają one następującą dyspozycjęDyspozycja organów została opracowana na podstawie stron: Wirtualne Centrum organowe – Słownik terminów organowych i Gdańskie Organy – Organy Katedry w Oliwie. Wynika z nich, iż w polskiej terminologii obowiązuje terminologia niemiecka, jakkolwiek niektóre nazwy instrumentów mogą być tłumaczone na jęz. polski, jeżeli mają odpowiedniki.: I Hauptwerk) C- II Oberwerk) C- Pedalwerk C-d1Prästant 16'Prinzipal 8'Gamba 8'Rohrflöte 8'Oktave 4'Kleingedackt 4'Quinte 22/3′Oktave 2'Spitzflöte 2'Terz 13/5′Buntzimbel IIIMixtur VTrompete 8'Quintatön 16'Hohlflöte 8'Gedackt 8'Engprinzipal 4'Rohrflöte